Passo a passo de como abrir seu CNPJ para médicos (sem cometer erros que custam caro)

A decisão está tomada: você vai ter seu próprio CNPJ. Seja para abrir consultório, aceitar proposta para trabalhar como PJ, atender pacientes particulares ou simplesmente organizar melhor sua vida profissional e tributária.

Você sabe que precisa formalizar. A questão é: por onde começar? E mais importante: como fazer certo desde o primeiro passo para não descobrir — meses ou anos depois — que escolhas erradas no início estão custando milhares de reais por mês?

Abrir CNPJ não é apenas preencher formulários e pagar taxas. É tomar decisões estratégicas que vão impactar sua carga tributária, proteção patrimonial, relacionamento com órgãos reguladores e até sua tranquilidade para exercer medicina pelos próximos anos.

Este guia vai além do "faça isso, depois aquilo". Vamos mostrar cada etapa do processo, mas principalmente os riscos ocultos de cada decisão e as consequências reais de fazer errado. Porque o que você não sabe pode — literalmente — custar R$ 80 mil por ano ou deixar você vulnerável a processos éticos e judiciais devastadores.

Antes de começar: a decisão mais importante que você vai tomar

Existe uma escolha que precede todas as outras e que 80% dos médicos fazem errado: com quem você vai trabalhar nesse processo.

Você pode tentar fazer sozinho (arriscado e provavelmente mais caro no longo prazo), contratar o primeiro contador que encontrar no Google (perigoso), ou trabalhar com quem entende profundamente de medicina.

A diferença não é só de preço. É de resultado.

Contador genérico vai abrir seu CNPJ. Mas provavelmente vai:

• Te colocar no regime tributário padrão sem simular alternativas

• Esquecer obrigações específicas como registro no CRM

• Usar estrutura jurídica inadequada que expõe seu patrimônio

• Escolher CNAE genérico que pode te custar caro depois

• Não orientar sobre planejamento de retiradas (pró-labore vs lucros)

Risco: Você opera meses ou anos em situação subótima, pagando impostos demais, irregular perante o Conselho, ou vulnerável juridicamente. Quando descobre, corrigir é caro e estressante.

Consequência financeira: Entre R$ 20 mil e R$ 80 mil por ano desperdiçados apenas em impostos desnecessários. Fora multas e riscos legais.

A contabilidade para médicos especializada faz diferente: cada etapa é pensada estrategicamente para sua realidade específica como médico.

Etapa 1: Defina seu regime tributário (antes mesmo de abrir o CNPJ)

Parece contraintuitivo, mas você precisa decidir o regime tributário antes de protocolar documentos. Porque algumas escolhas estruturais dependem disso.

As três opções disponíveis

Simples Nacional

Tributação unificada e progressiva. Quanto mais você fatura, maior a alíquota.

Para médicos, existem dois anexos possíveis:

• Anexo III (alíquota inicial 6%): se sua folha de pagamento for ≥ 28% da receita

• Anexo V (alíquota inicial 15,5%): se folha for < 28%

Limite de faturamento: R$ 4,8 milhões/ano.

Lucro Presumido

Presume que 32% do faturamento é lucro e tributa sobre isso. Alíquota efetiva fica em torno de 13,33% considerando todos os tributos federais.

Não tem limite de faturamento (até R$ 78 milhões/ano).

Lucro Real

Tributa apenas o lucro efetivo (receitas menos despesas dedutíveis). Mais complexo, geralmente usado só por clínicas grandes com muitos custos.

Como decidir

Você PRECISA simular os três cenários com números reais:

• Faturamento mensal esperado

• Custos operacionais (aluguel, equipamentos, insumos)

• Se terá funcionários

• Margem de lucro estimada

Exemplo prático de decisão:

Cardiologista planeja faturar R$ 35 mil/mês, custos de R$ 8 mil/mês, sem funcionários no início.

Simples (Anexo V, sem planejamento):

• Alíquota 17%

• Impostos: R$ 5.950/mês = R$ 71.400/ano

Simples (Anexo III, com planejamento de pró-labore):

• Alíquota 9%

• Impostos: R$ 3.150/mês = R$ 37.800/ano

Lucro Presumido:

• Alíquota 13,33%

• Impostos: R$ 4.665/mês = R$ 55.980/ano

Neste caso, Simples Anexo III com planejamento correto é melhor opção.

Riscos de escolher errado

Risco 1: Ficar no Simples Anexo V por não planejar folha de pagamento adequadamente.

Consequência: Pagar quase o dobro de impostos (R$ 33.600/ano desperdiçados no exemplo acima).

Risco 2: Escolher Simples quando Lucro Presumido seria melhor (ou vice-versa).

Consequência: Dependendo do faturamento e estrutura, diferença pode chegar a R$ 50 mil por ano.

Risco 3: Não revisar anualmente e ficar "preso" em regime inadequado.

Consequência: Mudança de regime só pode ser feita em janeiro. Se você perceber em março que está no regime errado, precisa esperar quase 1 ano para mudar.

Como fazer certo

Antes de abrir CNPJ, solicite simulação tributária comparativa detalhada. Um escritório contábil especialista em médicos faz isso mostrando exatamente quanto você pagaria em cada regime.

Essa análise deve considerar não só o primeiro ano, mas projeção de crescimento. Porque o regime ideal para faturamento de R$ 20 mil/mês pode não ser o mesmo para R$ 50 mil/mês.

Etapa 2: Escolha a estrutura jurídica que protege seu patrimônio

Agora você define o "tipo" de empresa: Empresário Individual, Sociedade Limitada Unipessoal, Sociedade Simples, etc.

Essa escolha determina se seus bens pessoais estão blindados ou totalmente expostos em caso de processo judicial.

A estrutura mais segura para médicos

Sociedade Limitada Unipessoal (SLU)

• Você é o único sócio

• Patrimônio pessoal completamente separado do empresarial

• Processos contra a empresa não atingem casa, carro, investimentos pessoais

• Não precisa de sócio fictício

Se você tem parceiro (outro médico, cônjuge), a estrutura adequada é Sociedade Limitada tradicional, mantendo a mesma proteção.

A estrutura perigosa que muitos escolhem

Empresário Individual (EI)

• Não há separação legal entre você e a empresa

• Seu CPF = CNPJ para fins práticos

• Processos atingem TODO seu patrimônio pessoal

Alguns contadores ainda abrem EI "porque é mais simples". Mas para médicos, é armadilha perigosa.

Por que isso importa especialmente para médicos

Médicos respondem civil e criminalmente por seus atos profissionais. Mesmo com todo cuidado, complicações acontecem. Paciente pode processar por:

• Erro médico real ou alegado

• Complicações não previstas

• Insatisfação com resultado de procedimento estético

• Infecções hospitalares

• Problemas com anestesia

• Questões de consentimento informado

Valores de indenização podem facilmente ultrapassar R$ 500 mil. Em casos graves, mais de R$ 1 milhão.

Risco de estrutura inadequada

Risco: Operar como Empresário Individual achando que "não vai acontecer nada".

Consequência real: Processo judicial milionário atinge seu apartamento, carro, investimentos, tudo que você construiu na vida. Mesmo que você não tenha culpa comprovada, o processo pode durar anos e bloquear seus bens.

Caso concreto: Médico cirurgião plástico, EI, teve complicação grave em procedimento. Paciente processou pedindo R$ 800 mil. Durante os 4 anos de processo, teve bens bloqueados judicialmente. Perdeu oportunidade de comprar consultório próprio (não conseguiu financiamento com bens bloqueados). Mesmo tendo sido absolvido ao final, o dano financeiro e emocional foi devastador.

Se fosse SLU? Processo seria contra a empresa. Bens pessoais intocáveis.

Como fazer certo

Especifique desde o início: Sociedade Limitada Unipessoal (ou Sociedade Limitada se tiver sócio).

Adicionalmente, contrate seguro de responsabilidade civil médica com cobertura adequada à sua especialidade. O seguro é a primeira camada de proteção; a estrutura jurídica é a segunda.

Etapa 3: Elabore o Contrato Social (com cláusulas obrigatórias do CRM)

Contrato Social é o documento que formaliza a criação da empresa. Define objeto social, capital social, responsabilidades dos sócios, entre outros.

Para médicos, não é só "copiar modelo da internet". Precisa ter cláusulas específicas exigidas pelo Conselho Regional de Medicina.

O que deve constar obrigatoriamente

Cláusula sobre exercício da medicina: "As atividades médicas serão exercidas exclusivamente por profissionais legalmente habilitados e regularmente inscritos no Conselho Regional de Medicina."

Designação de Responsável Técnico: Nome completo, CRM e especialidade do médico que será RT da empresa.

Objeto social detalhado: Não adianta colocar "serviços médicos" genérico. Precisa especificar: consultas, procedimentos, exames, área de atuação, etc.

Capital social: Valor investido na empresa. Pode ser simbólico (R$ 1.000) ou real (considerando equipamentos, reformas, etc).

Riscos de Contrato Social inadequado

Risco 1: Contrato sem cláusulas exigidas pelo CRM.

Consequência: Quando você for registrar a empresa no Conselho, o pedido é negado. Você precisa fazer alteração contratual (custo adicional de R$ 500 a R$ 1.500) e esperar novo registro na Junta Comercial (mais 15-30 dias de atraso).

Risco 2: Objeto social genérico ou inadequado.

Consequência: Dificuldade em credenciamentos, problemas em licitações, questionamentos sobre atividades exercidas vs registradas.

Risco 3: Não designar Responsável Técnico corretamente.

Consequência: Empresa não consegue registro no CRM. Todas as atividades ficam suspensas até regularização.

Como fazer certo

Trabalhe com contador que conheça exatamente o que o CRM exige. Ele elabora Contrato Social já contemplando todas as cláusulas obrigatórias, evitando retrabalho.

Revise o contrato antes de assinar. Confirme que seu nome está correto, CRM correto, objeto social corresponde ao que você vai fazer.

Etapa 4: Registre na Junta Comercial e obtenha o CNPJ

Com Contrato Social pronto, hora de oficializar.

O processo

Sociedade Limitada (empresária): Registro na Junta Comercial do estado (JUCESP em São Paulo).

Sociedade Simples: Registro em Cartório de Registro Civil de Pessoas Jurídicas.

Para médicos, geralmente é Sociedade Limitada (registro na Junta).

Documentos necessários:

• Contrato Social (3 vias originais assinadas)

• Cópias autenticadas de RG e CPF dos sócios

• Comprovante de endereço da empresa

• Pagamento de taxas (varia por estado, geralmente R$ 100-300)

Após aprovação na Junta (3 a 7 dias úteis), o CNPJ é gerado automaticamente pela Receita Federal através do sistema integrado (Redesim).

Você recebe:

• NIRE (número de registro na Junta)

• Cartão CNPJ

• Certificado de MEI (se aplicável, mas médicos geralmente não são MEI)

Riscos nesta etapa

Risco 1: Documentação incompleta ou incorreta.

Consequência: Processo é rejeitado. Você perde taxas pagas, precisa corrigir e reprotocolar (mais prazo, mais custo).

Risco 2: Endereço inadequado.

Consequência: Alguns municípios têm restrições sobre funcionamento de consultórios em áreas residenciais. Se você colocar endereço residencial sem verificar, pode ter problemas depois para obter alvará e licenças.

Risco 3: Usar serviço de "abertura de empresa em 1 dia" sem assessoria adequada.

Consequência: CNPJ é aberto rápido, mas sem planejamento tributário, sem estrutura adequada, com escolhas erradas que você vai pagar caro depois.

Como fazer certo

Se estiver abrindo consultório físico, confirme que o endereço permite funcionamento de atividade médica (zoneamento, condomínio, etc).

Se for atender em casa inicialmente, verifique legislação municipal e regras do condomínio.

Deixe contador cuidar de toda burocracia documental — ele sabe exatamente o que cada órgão exige.

Etapa 5: Obtenha Inscrição Municipal e configure nota fiscal

Com CNPJ ativo, você precisa de inscrição na Prefeitura para emitir nota fiscal de serviços (NFS-e).

O processo municipal

Acesse portal da Prefeitura do seu município, faça cadastro da empresa, forneça dados e documentos.

Após aprovação (1 a 10 dias úteis dependendo da cidade), você recebe login para sistema de emissão de notas fiscais.

A configuração crítica: código de serviço e ISS

Aqui está um detalhe que pode economizar (ou desperdiçar) milhares de reais por ano.

Consultas médicas são isentas de ISS na maioria absoluta dos municípios brasileiros (Lei Complementar 116/2003).

Mas o sistema não sabe disso automaticamente. Se você configurar errado, vai pagar 2% a 5% de ISS sobre todas as notas — desnecessariamente.

Exemplo: Médico fatura R$ 40 mil/mês em consultas.

Com configuração errada (ISS 5%): paga R$ 2.000/mês de ISS = R$ 24.000/ano jogados fora.

Com configuração correta (isenção): paga R$ 0.

Riscos de configuração inadequada

Risco 1: Configurar código de serviço genérico que não aproveita isenção.

Consequência: Você paga ISS todo mês sem perceber. Só descobre meses ou anos depois. Valor pago indevidamente geralmente não é recuperável.

Risco 2: Usar código inadequado para sua atividade.

Consequência: Fiscalização municipal pode questionar, exigir retificação de notas, aplicar multas por uso de código incorreto.

Risco 3: Não saber diferenciar consultas (isentas) de procedimentos (podem ter ISS).

Consequência: Ou você deixa de aproveitar isenção onde poderia, ou tenta isentar algo que não é isento (problema com fisco).

Como fazer certo

Contador especializado configura sistema de nota fiscal com:

• Código correto para consultas médicas (geralmente isento de ISS)

• Códigos adequados para procedimentos (se você faz)

• Descrições de serviço claras

• Alíquotas corretas quando aplicáveis

Você só emite notas depois que tudo está configurado e testado.

Etapa 6: Registre a empresa no Conselho Regional de Medicina (OBRIGATÓRIO)

Este é o passo que mais médicos esquecem — e que gera as consequências mais graves.

Toda pessoa jurídica que presta serviços médicos é obrigada por lei a ter registro no CRM. Não é opcional.

Documentos geralmente exigidos

• Contrato Social registrado

• CNPJ ativo

• Inscrição Municipal

• Cópia do RG e CPF dos sócios

• Comprovante de registro individual (CRM) de todos os médicos sócios

• Comprovante de endereço da empresa

• Designação formal do Responsável Técnico

• Certidões negativas

• Taxas específicas do CRM (variam por estado)

O processo

Protocola documentação no CRM do estado onde a empresa está registrada.

Análise demora geralmente 15 a 45 dias úteis.

Após aprovação, você recebe certificado de registro de pessoa jurídica e número de inscrição da empresa no CRM.

Precisa pagar anuidade específica para PJ (além da anuidade individual que você já paga).

Consequências devastadoras de não registrar

Consequência 1: Multas retroativas gigantescas

Valores variam por estado, mas podem facilmente ultrapassar R$ 50 mil dependendo do tempo de operação irregular.

Consequência 2: Processo ético contra os médicos responsáveis

Isso não é "multa administrativa simples". É processo ético que vai para seu histórico permanente no CRM.

Penalidades podem incluir:

• Advertência confidencial

• Censura confidencial

• Censura pública

• Suspensão do exercício profissional (30 dias a 6 meses)

• Cassação do registro (em casos gravíssimos)

Consequência 3: Invalidação das notas fiscais emitidas

Todas as notas que você emitiu sem ter registro no CRM podem ser questionadas.

Convênios podem exigir reemissão ou até devolução de valores pagos.

Consequência 4: Impossibilidade de credenciamentos

Convênios, hospitais, clínicas, programas governamentais — todos verificam registro no CRM.

Sem registro, você não consegue credenciar em lugar nenhum.

Caso real: Médica dermatologista operou clínica por 2 anos e meio sem registro no CRM (contador genérico não orientou).

Quando fiscalizada:

• Multa: R$ 78 mil

• Processo ético: suspensão de 90 dias

• Perda de credenciamento em 3 convênios (prejuízo estimado R$ 200 mil)

• Estresse, vergonha profissional, problemas familiares: incalculável

Total: mais de R$ 280 mil de prejuízo por não fazer um registro obrigatório.

Como fazer certo

Assim que CNPJ estiver ativo, inicie imediatamente o processo de registro no CRM.

NÃO comece a atender pacientes antes de ter registro aprovado.

Contador especializado conhece toda documentação necessária e acompanha processo até conclusão.

Etapa 7: Obtenha licenças sanitárias (quando necessário)

Dependendo da sua especialidade e dos procedimentos que realiza, pode precisar de licenças da Vigilância Sanitária.

Quando é necessário

Geralmente dispensado:

• Consultas médicas simples

• Atendimentos ambulatoriais sem procedimentos invasivos

Geralmente exigido:

• Procedimentos cirúrgicos (mesmo pequenos)

• Exames invasivos (endoscopia, colonoscopia, biópsias)

• Uso de equipamentos de imagem com contraste

• Manipulação de medicamentos controlados

• Internações (day clinic)

O processo

Varia muito por município e estado, mas geralmente envolve:

• Projeto arquitetônico do espaço (planta baixa)

• Memorial descritivo dos procedimentos realizados

• Relação de equipamentos

• Protocolos de biossegurança

• RRT (Registro de Responsabilidade Técnica) de profissionais envolvidos

• Vistoria in loco da Vigilância Sanitária

Prazo: 30 a 90 dias em média.

Riscos de operar sem licença quando é obrigatória

Risco não é multa administrativa simples. É criminal.

Lei 6.437/77 prevê multas de R$ 2 mil a R$ 1,5 milhão.

Além disso:

• Interdição imediata do estabelecimento

• Apreensão de equipamentos

• Processo criminal (crime contra a saúde pública)

• Cancelamento de licenças profissionais

• Responsabilização solidária de todos os sócios

Caso real: Clínica de procedimentos estéticos operou 8 meses sem licença sanitária.

Fiscalização interditou, aplicou multa de R$ 85 mil, apreendeu equipamentos no valor de R$ 150 mil.

Médico responsável respondeu processo criminal (absolvido depois de 3 anos, mas com custo emocional e financeiro gigantesco).

Como fazer certo

Antes de abrir consultório, verifique com Vigilância Sanitária municipal se sua atividade exige licença.

Se exigir, inicie processo ANTES de começar a atender. Não vale a pena o risco.

Adeque o espaço físico conforme exigências (ventilação, iluminação, sanitários, etc).

Etapa 8: Planeje pró-labore e distribuição de lucros desde o início

Agora que estrutura está montada, você precisa definir como vai retirar dinheiro da empresa.

Muitos médicos simplesmente transferem valores aleatórios da conta PJ para pessoal conforme precisam. Erro caro.

As duas formas legais de retirada

Pró-labore: Sua remuneração mensal fixa como sócio-administrador.

• Paga INSS (11% até teto de R$ 856/mês)

• Sofre desconto de IR na fonte (tabela progressiva)

• Garante direitos previdenciários

• É obrigatório (não pode ser zero)

Distribuição de lucros: Participação nos resultados da empresa.

• 100% isenta de IR (quando feita corretamente)

• Não paga INSS

• Precisa ser contabilmente apurada

• Exige documentação formal (ata de reunião de sócios)

A estratégia que economiza milhares

Defina pró-labore relativamente baixo (R$ 3 mil a R$ 8 mil) e distribua resto como lucros isentos.

Exemplo: Médico quer retirar R$ 25 mil/mês.

Opção ineficiente - Tudo como pró-labore:

• Líquido mensal: aproximadamente R$ 18 mil

• Perda anual em impostos: R$ 84 mil

Opção inteligente - Pró-labore R$ 7 mil + Lucros R$ 18 mil:

• Líquido mensal: aproximadamente R$ 23.500

• Impostos anuais: R$ 18 mil

Economia: R$ 66 mil por ano

Riscos de fazer errado

Risco 1: Não ter pró-labore nenhum.

Consequência: Empresa irregular, sem contribuição previdenciária, Receita pode questionar todas as retiradas.

Risco 2: Distribuir lucros sem apuração contábil adequada.

Consequência: Receita pode reclassificar como pró-labore (cobrança retroativa de INSS e IR com multa).

Risco 3: Misturar retiradas formais com saques aleatórios.

Consequência: Confusão contábil, impossibilidade de comprovar distribuição isenta, vulnerabilidade em fiscalização.

Como fazer certo

Desde o primeiro mês, estabeleça:

• Valor fixo de pró-labore (transferência mensal formal)

• Periodicidade de distribuição de lucros (mensal, trimestral ou semestral)

• Documentação adequada (ata de reunião, lançamento contábil)

Contador faz apuração de lucro disponível e você transfere formalmente com registros corretos.

Depois de aberto: a rotina que mantém tudo funcionando

CNPJ aberto não é fim do processo. É começo da operação.

Obrigações mensais

• Emitir nota fiscal para todos os atendimentos

• Pagar impostos (DAS se Simples, ou guias separadas se Lucro Presumido)

• Pagar pró-labore e registrar contabilmente

• Enviar documentos para contador (extratos, notas, despesas)

Obrigações anuais

• Declaração anual da empresa (DEFIS se Simples, ECF se Lucro Presumido)

• Declaração de IR Pessoa Física (sua declaração pessoal)

• Renovação de anuidade do CRM (individual + PJ)

• Renovação de licenças (quando aplicável)

Revisões estratégicas

• Todo outubro/novembro: revisar regime tributário para ano seguinte

• Anualmente: avaliar necessidade de seguro, valores de cobertura

• A cada 2-3 anos: avaliar estrutura geral (holding? Previdência? Sucessão?)

O risco de "abrir e esquecer"

Risco: Operar no piloto automático sem acompanhamento estratégico.

Consequência: Você fica anos no regime tributário errado, perde oportunidades de economia, acumula pequenos problemas que viram grandes.

O fator decisivo: com quem você faz tudo isso

Tecnicamente, você pode fazer cada etapa sozinho ou com contador genérico.

Mas perceba a quantidade de decisões técnicas, riscos ocultos e consequências caras de cada escolha errada.

Regime tributário errado: -R$ 20 mil a R$ 50 mil/ano Estrutura jurídica inadequada: patrimônio exposto a processos milionários Sem registro CRM: multas R$ 50 mil+ e processo ético Configuração de nota errada: -R$ 10 mil a R$ 30 mil/ano em ISS desnecessário Sem licença sanitária: interdição + multa R$ 85 mil+ e processo criminal Retiradas mal planejadas: -R$ 40 mil a R$ 80 mil/ano desperdiçados

Some tudo: facilmente R$ 200 mil a R$ 300 mil perdidos em 3-5 anos.

Especialização não é luxo. É proteção do seu patrimônio e maximização dos seus ganhos.

A diferença está nos detalhes. E detalhes, na medicina, você sabe que fazem toda diferença entre resultado excelente e catástrofe.