Como funciona a contabilidade para médicos: tudo o que você precisa saber antes de abrir seu CNPJ

Você está prestes a abrir seu consultório, aceitar uma proposta para trabalhar como PJ em hospitais ou clínicas, ou simplesmente decidiu profissionalizar sua carreira médica. Mas quando o assunto é contabilidade para médicos, surgem dezenas de dúvidas: Como funciona? O que é obrigatório? Quanto vou pagar de impostos? Preciso de contador desde o início? Qual regime tributário é melhor?

A verdade que não te ensinaram na faculdade de medicina: a forma como você estrutura sua contabilidade desde o primeiro dia pode representar diferença de R$ 30 mil a R$ 100 mil por ano no seu bolso. Não estamos falando de "economia aqui e ali" — estamos falando de decisões que impactam diretamente sua qualidade de vida, capacidade de investimento e crescimento profissional.

Muitos médicos cometem erros graves por desconhecimento: escolhem o regime tributário errado e pagam o triplo de impostos necessários, não registram a empresa no CRM e enfrentam multas pesadas, ignoram obrigações mensais e acumulam pendências que custam caro depois, ou simplesmente não sabem como funciona a distribuição de lucros isenta de IR.

Neste guia completo e definitivo, você vai entender exatamente como funciona contabilidade para médicos do zero, quais são todas as etapas obrigatórias, como escolher o melhor regime tributário, o que você precisa fazer mensalmente, como economizar legalmente dezenas de milhares de reais por ano e por que contar com um escritório contábil especialista em médicos não é luxo, mas necessidade estratégica.

Vamos descomplicar tudo de uma vez por todas?

Como funciona a contabilidade para médicos: visão geral

Contabilidade para médicos é muito mais do que "pagar impostos todo mês". É um sistema completo e estratégico que envolve:

1. Estruturação inicial (abertura de CNPJ)

• Escolha do tipo jurídico (proteção patrimonial)

• Definição de CNAEs corretos para sua especialidade

• Registro na Junta Comercial ou Cartório

• Obtenção do CNPJ na Receita Federal

• Inscrição Municipal para emissão de notas fiscais

• Registro obrigatório no CRM (Conselho Regional de Medicina)

• Licenças da Vigilância Sanitária quando necessário

2. Escolha do regime tributário (decisão mais importante)

• Simples Nacional (tributação unificada progressiva)

• Lucro Presumido (geralmente mais vantajoso para médicos)

• Lucro Real (usado apenas em clínicas grandes)

3. Rotina mensal obrigatória

• Emissão de notas fiscais para todos atendimentos/procedimentos

• Cálculo e pagamento de impostos mensais

• Pagamento de pró-labore (seu "salário" como sócio)

• Escrituração contábil de receitas e despesas

• Entrega de declarações mensais (conforme regime)

4. Obrigações anuais

• Declaração anual da empresa (DEFIS, ECF ou outras conforme regime)

• Declaração de Imposto de Renda Pessoa Física (sua declaração pessoal)

• Renovação de licenças e registros

• Revisão do regime tributário (verificar se continua sendo o melhor)

5. Planejamento estratégico contínuo

• Distribuição de lucros isenta de IR

• Dedução de despesas operacionais legais

• Otimização da carga tributária dentro da lei

• Preparação para crescimento (contratação de equipe, expansão)

Parece complexo? É. Por isso que escritório contábil especialista em médicos cuida de toda essa estrutura para você, permitindo que foque no que realmente importa: atender bem seus pacientes.

Etapa 1: Como funciona a abertura de CNPJ para médicos

Antes de qualquer coisa, você precisa formalizar sua atividade médica através de um CNPJ. Veja o passo a passo completo:

Passo 1: Consultoria tributária prévia (ESSENCIAL)

Antes de abrir o CNPJ, você PRECISA de consultoria especializada para definir:

• Regime tributário ideal (Simples, Lucro Presumido ou Lucro Real)

• Tipo jurídico adequado (SLU, Sociedade Simples Limitada)

• CNAEs corretos para sua especialidade (clínica geral, cardiologia, dermatologia, etc.)

• Estratégia de pró-labore (otimização tributária)

Por que isso é crítico: Essa decisão inicial pode representar diferença de R$ 20 mil a R$ 50 mil por ano em impostos. Não é algo para fazer "no chute".

Passo 2: Escolha do tipo jurídico (proteção patrimonial)

Médicos devem SEMPRE escolher estruturas que protejam patrimônio pessoal:

Sociedade Limitada Unipessoal (SLU) — MAIS RECOMENDADO:

• Você é o único sócio

• Patrimônio pessoal totalmente protegido

• Flexibilidade total para crescer

Sociedade Simples Limitada:

• Mínimo 2 sócios

• Ideal se você tem parceiro(a) médico(a)

• Patrimônio protegido

NUNCA escolher:

• Empresário Individual (EI): patrimônio pessoal exposto

• Sociedade Simples Pura: sócios respondem ilimitadamente

Passo 3: Definição de CNAEs (cada especialidade tem código específico)

Exemplos:

• 8610-1/01: Atividades de atendimento hospitalar

• 8630-5/01: Atividade médica ambulatorial com recursos para realização de procedimentos cirúrgicos

• 8630-5/02: Atividade médica ambulatorial com recursos para realização de exames complementares

• 8630-5/03: Atividade médica ambulatorial restrita a consultas

Escolher CNAE errado = tributação inadequada. Escritório contábil especialista em médicos conhece exatamente qual usar para cada caso.

Passo 4: Elaboração do Contrato Social

Documento que formaliza criação da empresa. Deve conter:

• Objeto social (atividade médica e especialidade)

• Capital social

• Responsabilidade dos sócios

• Designação do Responsável Técnico

Passo 5: Registro na Junta Comercial ou Cartório

Sociedades empresariais (SLU) vão para Junta Comercial. Sociedades Simples vão para Cartório de Registro Civil de Pessoas Jurídicas.

Prazo: 3 a 7 dias úteis.

Passo 6: Obtenção do CNPJ

Após registro, CNPJ é emitido automaticamente pela Receita Federal. Processo integrado e imediato.

Passo 7: Inscrição Municipal

Registro na Prefeitura para emissão de NFS-e (Nota Fiscal de Serviços Eletrônica).

Importante: Consultas médicas são ISENTAS de ISS em praticamente todos os municípios brasileiros. Economia automática de até 5%.

Passo 8: Registro no CRM (OBRIGATÓRIO — NÃO PULE)

Toda pessoa jurídica que presta serviços médicos PRECISA de registro de PJ no CRM.

Documentos geralmente exigidos:

• Contrato Social registrado

• CNPJ ativo

• CRM individual ativo e regular

• Comprovante de endereço

• Designação do Responsável Técnico

• Taxas do CRM

Atenção: Trabalhar sem registro no CRM é infração gravíssima com multas acima de R$ 100 mil e possível suspensão do direito de exercer medicina.

Passo 9: Licenças da Vigilância Sanitária (quando aplicável)

Consultórios que realizam procedimentos invasivos, cirurgias, exames com contraste ou equipamentos específicos precisam de licença sanitária.

Passo 10: Opção pelo regime tributário

Se escolheu Simples Nacional, tem até 30 dias após abertura para optar no Portal do Simples. Perder prazo = ficar quase 1 ano no regime errado.

Etapa 2: Regimes tributários para médicos — qual escolher?

Essa é a decisão mais impactante financeiramente. Veja como funciona cada regime:

SIMPLES NACIONAL

Como funciona:

• Tributação unificada progressiva (quanto mais fatura, maior a alíquota)

• Um boleto único (DAS) paga todos os impostos federais, estaduais e municipais

• Limite de faturamento: R$ 4,8 milhões/ano

Anexos possíveis para médicos:

Anexo III (Fator R ≥ 28%):

• Alíquota inicial: 6%

• Alíquota máxima: 19,25%

• Mais vantajoso quando você consegue manter folha de pagamento (pró-labore + funcionários) acima de 28% da receita

Anexo V (Fator R < 28%):

• Alíquota inicial: 15,5%

• Alíquota máxima: 33%

• Péssimo para médicos — geralmente resultado de planejamento errado

Exemplo prático:

Médico faturando R$ 30 mil/mês (R$ 360 mil/ano):

Com Fator R correto (Anexo III):

• Alíquota média: 10%

• Impostos mensais: R$ 3.000

• Total ano: R$ 36.000

Sem planejamento (Anexo V):

• Alíquota média: 18%

• Impostos mensais: R$ 5.400

• Total ano: R$ 64.800

Diferença: R$ 28.800 desperdiçados por ano!

LUCRO PRESUMIDO

Como funciona:

• Presume-se que 32% do faturamento é lucro

• Tributos federais (IRPJ, CSLL, PIS, COFINS): aproximadamente 13,33%

• ISS municipal: geralmente ISENTO para consultas médicas

• Permite distribuição de lucros 100% isenta de IR

Vantagens para médicos:

• Alíquota fixa (não aumenta com faturamento)

• Geralmente mais vantajoso acima de R$ 30-40 mil/mês

• Distribuição de lucros isenta

Exemplo prático:

Médico faturando R$ 50 mil/mês (R$ 600 mil/ano):

Impostos anuais no Lucro Presumido: R$ 79.980 (13,33%)

No Simples (Anexo III otimizado): R$ 84.000 (14%)

No Simples (Anexo V sem planejamento): R$ 126.000 (21%)

Lucro Presumido pode ser melhor dependendo do caso.

LUCRO REAL

Como funciona:

• Tributa apenas o lucro efetivo (receitas - despesas dedutíveis)

• Muito complexo e burocrático

• Usado apenas em clínicas grandes com muitas despesas

Raramente vantajoso para médicos individuais.

Como decidir qual regime escolher?

Contabilidade para médicos especializada faz simulação com seus números reais e mostra exatamente qual regime paga menos impostos legalmente.

Etapa 3: Rotina mensal — o que você precisa fazer

1. Emitir nota fiscal para TODOS os atendimentos

Toda consulta, procedimento, cirurgia ou exame precisa de nota fiscal. Sem exceções.

Como funciona:

• Acesse sistema municipal de NFS-e

• Preencha dados do paciente (CPF ou CNPJ se empresa)

• Informe descrição do serviço

• Valor do atendimento

• Sistema calcula impostos automaticamente

Atenção: Consultas médicas são geralmente ISENTAS de ISS. Configure corretamente para não pagar imposto desnecessário.

2. Pagar impostos mensais

Se Simples Nacional:

• Um boleto único (DAS) até dia 20 do mês seguinte

• Valor calculado automaticamente pelo sistema

Se Lucro Presumido:

• IRPJ: trimestral

• CSLL: trimestral

• PIS: mensal

• COFINS: mensal

3. Pagar pró-labore (seu "salário")

Pró-labore é a retirada mensal obrigatória como sócio-administrador.

Por que é importante:

• Garante contribuição previdenciária (INSS)

• Otimiza Fator R no Simples Nacional

• Permite distribuição de lucros isenta depois

Valor ideal: Depende do regime tributário e estratégia.Escritório contábil especialista em médicos calcula valor ótimo mensalmente.

4. Registrar todas despesas

Despesas operacionais podem ser deduzidas (dependendo do regime):

• Aluguel do consultório

• Energia elétrica, água, telefone, internet

• Material médico, medicamentos

• Equipamentos e depreciação

• Softwares de gestão

• Marketing e divulgação

• Cursos e especializações (quando relacionados à atividade)

Importante: Guarde todos os comprovantes (notas fiscais, recibos).

5. Entregar declarações mensais (conforme regime)

Simples Nacional: PGDAS (declaração mensal automática pelo portal)

Lucro Presumido: Diversas declarações mensais e trimestrais

Contador cuida disso automaticamente.

Etapa 4: Como funciona a distribuição de lucros isenta de IR

Essa é uma das maiores vantagens de ter CNPJ como médico.

O que é distribuição de lucros:

Depois de pagar todos os impostos da empresa, o que sobra é lucro. Esse lucro pode ser distribuído aos sócios SEM pagar Imposto de Renda adicional.

Exemplo prático:

Médico fatura R$ 40 mil/mês (R$ 480 mil/ano):

Receita anual: R$ 480.000Impostos (Lucro Presumido): R$ 63.984Despesas operacionais: R$ 100.000Pró-labore anual: R$ 60.000

Lucro distribuível: R$ 480.000 - R$ 63.984 - R$ 100.000 - R$ 60.000 = R$ 256.016

Esse valor pode ser retirado ISENTO de IR!

Se fosse pessoa física, pagaria até 27,5% de IR sobre isso = R$ 70.404 de imposto.

Economia: R$ 70.404 por ano apenas com distribuição de lucros!

Como fazer corretamente:

Não é simplesmente "transferir dinheiro da conta PJ para pessoal". Precisa:

• Estar previsto em Contrato Social

• Ser contabilizado adequadamente

• Respeitar limites legais

• Ter documentação correta

Contabilidade para médicos especializada faz todo esse controle automaticamente.

Etapa 5: Obrigações anuais que você não pode esquecer

1. Declaração anual da empresa

Simples Nacional: DEFIS (Declaração de Informações Socioeconômicas e Fiscais) — prazo: até 31 de março

Lucro Presumido/Real: ECF (Escrituração Contábil Fiscal) — prazo: até último dia útil de julho

2. Declaração de Imposto de Renda Pessoa Física

Você declara:

• Pró-labore recebido (tributado na fonte)

• Distribuição de lucros (isenta, mas precisa declarar)

• Bens e direitos pessoais

• Participação societária na empresa

Prazo: até 31 de maio.

3. Renovação de licenças e registros

• Anuidade do CRM

• Renovação de licenças sanitárias (quando aplicável)

• Atualização de certidões

4. Revisão do regime tributário

Anualmente, seu contador deve revisar se o regime escolhido continua sendo o melhor ou se vale migrar.

Mudanças só podem ser feitas no início do ano (janeiro), então planejamento é essencial.

Por que você PRECISA de escritório contábil especialista em médicos

Tentar fazer sozinho ou usar contador genérico = alto risco e desperdício de dinheiro.

Riscos de fazer sozinho:

• Escolher regime tributário errado (perda de R$ 20-80 mil/ano)

• Não registrar no CRM (multas acima de R$ 100 mil)

• Perder prazos de declarações (multas de R$ 500 a R$ 5.000 cada)

• Calcular impostos errado (autuações fiscais)

• Não aproveitar isenções e benefícios

• Tempo enorme gasto em burocracia

Vantagens de ter contador especializado:

• Planejamento tributário que economiza milhares por ano

• Toda burocracia resolvida automaticamente

• Garantia de compliance total (zero multas)

• Suporte estratégico contínuo

• Tempo livre para focar em pacientes

• Segurança jurídica e fiscal total

Custo x Benefício:

Investimento: R$ 700 a R$ 1.200/mês Economia tributária: R$ 20 mil a R$ 80 mil/ano

Retorno líquido: R$ 10 mil a R$ 65 mil/ano no seu bolso.

Perguntas Frequentes

Posso ter CNPJ e ser CLT ao mesmo tempo?

Sim! Muitos médicos trabalham em hospitais como CLT e atendem em consultório particular como PJ. É totalmente legal desde que não haja conflito de interesse.

Quanto tempo demora para abrir CNPJ completo?

Processo completo (incluindo registro no CRM): 30 a 45 dias úteis.

Simples ou Lucro Presumido — qual é melhor?

Depende do seu faturamento mensal e estrutura de custos. Contabilidade para médicos faz simulação gratuita e mostra qual paga menos.

Preciso de contador desde o início?

SIM. Decisões tomadas na abertura (regime tributário, tipo jurídico, CNAEs) impactam anos de tributação. Erro inicial custa muito caro depois.

Posso deduzir curso de especialização como despesa?

Sim, quando o curso está diretamente relacionado à atividade médica exercida pela empresa.

Conclusão: Estruture sua contabilidade corretamente desde o início

Contabilidade para médicos não é complicada quando você tem orientação especializada. Envolve abertura estruturada, escolha correta do regime tributário, rotina mensal organizada e planejamento estratégico contínuo.

Fazer certo desde o início economiza dezenas de milhares de reais por ano, protege seu registro no CRM, blinda seu patrimônio e garante tranquilidade total.

Está pronto para estruturar sua contabilidade da forma mais inteligente possível?

Fale com a equipe da Elegance Contábil — escritório contábil especialista em médicos. Abertura completa de CNPJ, planejamento tributário estratégico, suporte total para CRM e economia garantida de milhares por ano.